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Comptabilité auto-entrepreneur : le guide complet 2026

Le régime de l'autoentreprise ou microentreprise permet de s'épargner de la lourdeur de la comptabilité. Toutefois, l'autoentrepreneur est quand même soumis à quelques obligations comptables et les négliger peut coûter cher le jour d'un contrôle..
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Par Romain Laventure
Actualisé le 22 août 2026

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Résumé :

  • La comptabilité des auto-entrepreneurs repose sur un livre des recettes obligatoire pour tous, complété d’un registre des achats pour certaines activités.
  • Le chiffre d’affaires doit être déclaré à l’Urssaf tous les mois ou tous les trimestres, même s’il est nul.
  • Les factures et justificatifs doivent être conservés pendant 10 ans, sous peine d’une amende pouvant atteindre 10 000 €.
  • Un compte bancaire dédié à l’activité devient obligatoire dès que le chiffre d’affaires dépasse 10 000 € pendant 2 années consécutives.
  • En 2026, la franchise en base de TVA s’applique jusqu’à 37 500 € (services) ou 85 000 € (vente), avec des seuils majorés à 41 250 € et 93 500 €.
  • Aucun bilan comptable ni liasse fiscale n’est exigé, et le recours à un expert-comptable reste facultatif.

Quelles sont les obligations comptables d’un auto-entrepreneur ?

Avant de détailler chaque document, un principe à retenir : la simplicité de ce régime a une contrepartie directe, l’impossibilité de déduire vos charges réelles.

Le livre des recettes, un document obligatoire pour tous

Le livre des recettes est obligatoire pour tout auto-entrepreneur, sans exception, qu’il soit artisan, commerçant ou profession libérale. Il doit retracer chronologiquement chaque encaissement sous forme de tableau à six colonnes : date, référence de la facture, nom du client, nature de la prestation ou du produit, montant, et mode de règlement. Ce document doit être tenu sur un registre papier non modifiable ou via un logiciel de comptabilité certifié. Un simple fichier Excel ne suffit pas : l’administration fiscale exige une trace non modifiable après édition, ce qu’un tableur classique ne garantit pas.

Le registre des achats, obligatoire selon l’activité

Le registre des achats ne concerne que les auto-entrepreneurs exerçant une activité de vente de marchandises, de fournitures, de denrées à consommer sur place ou à emporter, ou de prestations d’hébergement¹.

Il complète le livre des recettes en retraçant chronologiquement chaque achat professionnel :

  • date,
  • référence du justificatif,
  • nom du fournisseur,
  • nature de la dépense,
  • montant TTC,
  • mode de règlement.

Ces règles sont fixées aux articles R.123-203 et suivants du Code de commerce.

Comment déclarer son chiffre d’affaires et payer ses cotisations ?

Une fois les documents comptables en place, reste l’obligation la plus régulière du calendrier : la déclaration périodique à l’Urssaf.

La déclaration à l’Urssaf, mensuelle ou trimestrielle

Tout auto-entrepreneur doit déclarer son chiffre d’affaires sur le portail de l’Urssaf, tous les mois ou tous les trimestres selon l’option choisie, et ce même en l’absence totale d’activité sur la période. Cette déclaration sert de base au calcul des cotisations sociales. Oublier une déclaration à zéro reste une erreur fréquente qui peut entraîner une taxation forfaitaire par l’administration.

La CFE, une obligation annuelle souvent oubliée

Comme toute entreprise, l’auto-entrepreneur est en principe redevable de la cotisation foncière des entreprises (CFE), payable en décembre. Une exonération s’applique la première année d’activité, à condition d’en faire la demande explicite auprès du service des impôts des entreprises (SIE) avant le 31 décembre de l’année de création, à l’aide du formulaire n°1447-C-SD.

Quelles règles de facturation respecter en auto-entreprise ?

La facturation n’est pas une formalité accessoire : c’est une obligation légale strictement encadrée, mention par mention.

Les mentions obligatoires sur chaque facture

Chaque facture doit comporter, entre autres, la date d’émission, un numéro unique et chronologique, l’identité complète du prestataire avec la mention « EI » ou « Entrepreneur individuel », le numéro Siren, la désignation précise des produits ou services, ainsi que le montant total en HT et en TTC². Si vous êtes en franchise de TVA, la mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI » doit impérativement figurer sur le document. Une facture non conforme expose à une amende administrative pouvant atteindre 75 000 €, doublée en cas de récidive dans les deux ans.

Le calendrier de la facturation électronique

La réforme de la facturation électronique s’applique progressivement selon la taille de l’entreprise. Pour les micro-entrepreneurs, la réception de factures électroniques devient obligatoire au 1er septembre 2026, et l’émission au 1er septembre 2027³ pour les opérations réalisées avec d’autres professionnels assujettis. D’ici là, mieux vaut anticiper en adoptant un outil de facturation compatible plutôt que de basculer dans l’urgence.

Bon à savoir : à compter du 1er septembre 2026, la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » doit être remplacée par « TVA non applicable, art. L.223 et suivants du code des impositions sur les biens et services (CIBS) », avec une tolérance admise jusqu’au 31 décembre 2027 pour l’ancienne formulation.

Faut-il facturer la TVA en micro-entreprise ?

La franchise en base de TVA est l’un des grands avantages du statut, mais elle reste conditionnée à des seuils précis, à surveiller de près.

ActivitéSeuil de franchise 2026Seuil majoré 2026
Prestations de services37 500 €41 250 €
Activités commerciales et d’hébergement85 000 €93 500 €

Les seuils de franchise en base de TVA

Sous le seuil de franchise, vous n’avez rien à facturer ni à déclarer au titre de la TVA. Entre le seuil de franchise et le seuil majoré, vous devenez redevable de la TVA dès l’année suivante. Au-delà du seuil majoré, la TVA doit être facturée dès la date de dépassement, sans attendre la fin de l’année.

Le régime applicable en cas de dépassement

Si vous devenez redevable de la TVA, deux régimes coexistent en 2026 :

  • le régime réel simplifié, accessible jusqu’à 945 000 € de chiffre d’affaires pour les activités commerciales (BIC) ou 286 000 € pour les prestations de services (BNC), avec une déclaration annuelle CA12⁴,
  • le régime réel normal au-delà, avec une déclaration CA3 mensuelle ou trimestrielle.

Attention : le régime réel simplifié et la déclaration CA12 doivent être supprimés à compter du 1er janvier 2027, au profit d’un basculement direct vers le régime réel normal pour les entreprises sorties de la franchise.

Compte bancaire dédié et conservation des justificatifs

Deux obligations complètent le dispositif : l’une porte sur l’organisation de vos flux financiers, l’autre sur la traçabilité de vos opérations passées.

L’ouverture d’un compte bancaire professionnel

Depuis la loi PACTE de 2019, un compte bancaire dédié à l’activité devient obligatoire dès lors que le chiffre d’affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives⁵. Ce compte peut être un compte courant classique, à condition qu’il soit exclusivement réservé à l’activité professionnelle. Il permet de séparer clairement les flux personnels et professionnels, ce qui limite fortement le risque d’erreur en cas de contrôle fiscal.

La conservation des documents pendant 10 ans

Toutes les factures, justificatifs d’achats et pièces comptables doivent être conservés pendant 10 ans, même si l’administration ne remonte généralement que trois exercices lors d’un contrôle standard (elle peut aller jusqu’à dix ans en cas de soupçon de fraude). La non-conservation des documents fiscaux est sanctionnée par une amende de 10 000 €, en application de l’article 1734 du Code général des impôts.

Calendrier annuel des obligations comptables de l’auto-entrepreneur

Voici une synthèse que vous ne trouverez pas condensée ailleurs sous cette forme : l’ensemble des échéances comptables d’un auto-entrepreneur sur une année, classées par fréquence.

ObligationFréquenceÉchéance
Déclaration du chiffre d’affairesMensuelle ou trimestrielleSelon l’option choisie à l’Urssaf
Mise à jour du livre des recettesAu fil de l’eauÀ chaque encaissement
Mise à jour du registre des achats (si concerné)Au fil de l’eauÀ chaque achat professionnel
FacturationÀ chaque vente ou prestationImmédiate
Déclaration initiale de CFEPonctuelleAvant le 31 décembre de l’année de création
Paiement de la CFEAnnuelleEn décembre
Vérification du seuil de TVAContinueDès que le chiffre d’affaires approche le seuil de franchise
Vérification du seuil de compte bancaire dédiéAnnuelleSur 2 années consécutives à 10 000 € de CA

Faut-il utiliser un logiciel de comptabilité en micro-entreprise ?

Rien n’oblige à passer par un expert-comptable, mais un bon outil peut éviter bien des erreurs, surtout à l’approche des seuils.

Ce que dit la loi sur les logiciels certifiés

L’utilisation d’un logiciel de caisse ou de facturation certifié n’est obligatoire que pour les commerçants redevables de la TVA qui vendent des biens ou services à des particuliers via un système de caisse.

Pour les autres, le format reste libre : registre papier, modèle téléchargeable ou logiciel en ligne, du moment que le document final reste chronologique et non modifiable.

Les critères pour bien choisir son outil

Avant de choisir un logiciel, vérifiez qu’il respecte la norme FEC exigée par l’administration fiscale, que son tarif correspond à vos besoins réels sans coûts cachés, et qu’il garantit une valeur probante à vos justificatifs numérisés. Un auto-entrepreneur n’a aucune obligation légale de confier sa comptabilité à un professionnel : un logiciel adapté peut suffire à couvrir l’ensemble des obligations déclaratives.

Quel abattement forfaitaire s’applique sur votre chiffre d’affaires ?

C’est la contrepartie directe de la simplicité comptable : puisque vous ne déduisez pas vos charges réelles, l’administration applique un abattement forfaitaire pour déterminer votre revenu imposable.

Nature de l’activitéTaux d’abattement forfaitaire
Vente de marchandises, restauration, hébergement71 %
Prestations de services commerciales ou artisanales (BIC)50 %
Prestations de services libérales (BNC)34 %

Cet abattement est automatiquement appliqué sur votre déclaration de revenus, que vous ayez opté pour le versement libératoire ou pour le régime classique de l’impôt sur le revenu. Si vos charges réelles dépassent largement ce forfait (achat de matériel coûteux, local professionnel loué, véhicule utilitaire), il peut être pertinent de comparer régulièrement votre situation avec celle d’une entreprise individuelle classique ou d’une société, où les charges réelles sont déductibles.

Comment bien tenir sa comptabilité au quotidien ?

Les obligations sont limitées, mais leur non-respect expose aux mêmes sanctions qu’une entreprise classique. Quelques réflexes simples suffisent à rester serein toute l’année.

Les bons réflexes pour éviter les erreurs

Notez chaque recette au moment de l’encaissement plutôt qu’en fin de mois, en indiquant systématiquement sa provenance et son mode de paiement. Numérotez vos factures de façon chronologique et sans rupture, pour faciliter toute vérification. Enfin, anticipez vos flux de trésorerie, en particulier si vous devez régler des fournisseurs avant d’être payé par vos propres clients : un fonds de trésorerie suffisant évite bien des découverts.

Pourquoi la rigueur paie même sans obligation de bilan

Une comptabilité à jour permet de vérifier en temps réel que vous ne dépassez pas les plafonds de chiffre d’affaires, de repérer rapidement une baisse de rentabilité, et de présenter des documents clairs en cas de contrôle fiscal. Reporter la saisie de vos factures « au lendemain » reste l’erreur la plus fréquente chez les auto-entrepreneurs, surtout lorsque la déclaration à l’Urssaf n’a lieu que tous les trimestres : mieux vaut consacrer un créneau fixe chaque semaine à cette tâche plutôt que de tout rattraper la veille de l’échéance.

Sources

  1. Légifrance, Articles R.123-203 et suivants du Code de commerce : https://www.legifrance.gouv.fr/codes/section_lc/LEGITEXT000005634379/LEGISCTA000006178888/
  2. Légifrance, Article L441-3 du Code de commerce : https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000047381742/
  3. Impots.gouv.fr, Facturation électronique, calendrier et obligations : https://www.impots.gouv.fr/facturation-electronique
  4. Légifrance, Seuils du régime réel simplifié de TVA,  Arrêté du 27 janvier 2026 : https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000053447694
  5. Entreprendre.service-public.gouv.fr, Compte bancaire dédié du micro-entrepreneur : https://entreprendre.service-public.gouv.fr/vosdroits/F35991

Questions fréquentes

Un livre des recettes, obligatoire pour tous, et un registre des achats, uniquement pour les activités de vente de marchandises, de denrées ou de prestations d’hébergement.

Oui, en principe, sauf exonération demandée pour la première année d’activité auprès du service des impôts des entreprises avant le 31 décembre de l’année de création.

Dès que le chiffre d’affaires annuel dépasse 10 000 € pendant deux années civiles consécutives

10 ans à compter de la clôture de l’exercice concerné. La non-conservation des justificatifs est sanctionnée par une amende pouvant atteindre 10 000 €.

Non, tant que son chiffre d’affaires reste sous les seuils de franchise en base (37 500 € pour les services, 85 000 € pour la vente en 2026). Au-delà, la TVA devient obligatoire selon des règles progressives.

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